Krankheitserreger sind Mikro- oder Makroorganismen, die in anderen Organismen ("Wirt") zu ihrem eigenen Vorteil gesundheitsschädigende Prozesse in Gang setzen. Diese Eigenschaft bezeichnet man als Pathogenität. Zu den Krankheitserregern zählen Bakterien, Viren, Pilzen oder auch Parasiten.
Im Prinzip lösen Krankheitserreger drei verschiedene Reaktionen aus: Allergie, Intoxikation oder Infektion. Die Schwere der durch die Krankheitserreger ausgelösten Reaktion hängt sowohl von der Empfänglichkeit des Patienten, als auch von der Pathogenität des Erregers ab.