Pathogen bedeutet krankheitserregend bzw. krankmachend.
Pathogene Mikroorganismen kann man in fakultativ pathogene Erreger, also Erreger die einen geschwächten Immunstatus oder andere Defizite ihres Wirts voraussetzen und obligat pathogene Erreger unterteilen, Erreger die auch einen gesunden, immunkompetenten Wirt befallen, einteilen.
Krankheitserreger, die für den Menschen relevant sind, werden humanpathogen genannt.